Kristiinankaupungin merimuseon toiminta-ajatuksena on kerätä ja tallentaa Kristiinankaupungin laivanrakennukseen ja merenkulkuun liittyvää perinnettä. Tämä ajatus on ollut perustana museon kokoelmia kerättäessä. Kokoelman esineet ajoittuvat pääasiassa 1800-luvun purjelaiva-aikakauteen.

Kristiinankaupungin merimuseon kokoelmiin kuuluu noin 2000 laivanrakennukseen ja merenkulkuun liittyvää esinettä. Esineet ovat peräisin pääasiassa Kristiinankaupungista ja sitä ympäröivältä alueelta. Joukossa on myös hyvinkin eksoottisia, kaukaisilta laivamatkoilta tuotuja esineitä. Tämän lisäksi merimuseon kokoelmiin kuuluu myös maalauksia ja satoja valokuvia.

Tulevaisuuden suunnitelmana on saattaa merimuseon kokoelmat sähköiseen Musketti-tietokantaan, jolloin esineet ja niihin liittyvät tiedot olisivat tutkijoiden ja asiasta kiinnostuneiden saatavissa nykyistä helpommin.